Nicht Bestandteil des Religionsunterrichts ist ein überkonfessionelles Schulgebet. Es steht im pädagogischen Ermessen des Lehrers, ob er den Unterricht mit einem Gebet oder mit einer anderen Form religiöser Besinnung beginnen will. Das Schulgebet ist jedoch eine besonders geeignete Form, den Auftrag des Art. 135 BV, des Art. 1 Abs. 1 BayEUG und des Art. 7 Abs. 2 und 3 BayEUG zu erfüllen.
Beim Schulgebet ist das Toleranzgebot des Art. 1 Abs. 1 BayEUG und des Art. 2 Abs. 1 BayEUG besonders zu beachten. Schülerinnen und Schüler, die etwa einem nichtchristlichen Bekenntnis angehören oder nach ausdrücklicher Erklärung – eigener Erklärung oder der ihrer Erziehungsberechtigten – nicht am Gebet teilnehmen, sollen hierbei in pädagogisch und organisatorisch geeigneter Weise von der Teilnahme am Gebet dispensiert werden. Bei den am Gebet teilnehmenden Schülerinnen und Schülern sind Verständnis für die Haltung der nicht am Gebet Teilnehmenden und das Bewusstsein der Verpflichtung zur Toleranz zu wecken. Den nicht am Schulgebet teilnehmenden Schülerinnen und Schülern sind umgekehrt die Kenntnis der Bedeutung von Gebet und religiöser Besinnung für Gläubige und die Überzeugung der Notwendigkeit und des ethischen Werts der Toleranz zu vermitteln, die sich auch in einem angemessenen Verhalten während des Schulgebets dokumentiert.
Ein Schulgebet ist grundsätzlich auch dann zulässig, wenn eine Schülerin/ein Schüler bzw. die Erziehungsberechtigten der Abhaltung des Gebets widersprechen. Ihr Grundrecht auf negative Bekenntnisfreiheit nach Art. 4 Abs. 1 GG wird nicht verletzt, wenn sie frei und ohne Zwänge (auch ohne indirekte Zwänge etwa durch Notengebung) über die Teilnahme am Gebet entscheiden können (BVerfGE 52, 223/248ff.).